检察机关在开展两法衔接工作过程中，经常能从市场监督管理部门获得食品中非法添加的危害食品安全犯罪线索，该类线索是检察机关在食品领域进行建议移送、立案监督工作的重要切入点。而客观情况是虽然线索不少，成案率却普遍不高。
2017年，江宁区检察院通过两法衔接平台，收到市场监督管理部门移送的食品非法添加类案件线索9条，但只成功立案1件，尚无案件进入司法程序。究其原因，主要有以下几点：
1.主观明知认定难
以在淡水鱼中添加孔雀石绿、硝基呋喃类等药物为例，一些水产养殖者、运输者和销售者无视禁令，违规在淡水鱼虾中添加该类物质以保证在饲养、运输、销售过程中鱼体处于成活状态。市场监督管理部门在销售环节查出孔雀石绿、硝基呋喃类药物等有毒有害物质后，因难以确定添加环节、具体添加者，无法进一步认定销售者的对于销售的淡水鱼中含有毒有害物质的主观明知状态。
类似情况还有在进口牛肉（牛排）经营者处检出含有莱克多巴胺（俗称“瘦肉精”）的牛排，因莱克多巴胺系一种饲料添加剂，通常系在养殖过程中添加（如美国、日本、加拿大等国均认为给肉畜禽喂莱克多巴胺安全），在国内经营户通过正规渠道进口并已履行索票索证义务的情况下，证实销售者对于所销售的牛肉含有莱克多巴胺处于明知状态存在困难。
2.鉴定意见的权威性不足
由于食品所具有的独特属性，司法鉴定的实践中尚未将其纳入“物证鉴定类”范畴，目前没有相关司法鉴定机构获取对食品进行检验鉴定的资质。对于食品中添加的物质是否有毒有害的定性问题，多难以做出鉴定，只是在对涉案食品进行检验检测后出具食品检验检测报告。
为解决规范涉案食品的检验认定问题，国家食品药品监督管理总局、公安部、最高法、最高检、国务院食品安全委员会办公室联合颁布了《食品药品行政执法与刑事司法衔接工作办法》做出了探索，但违法是管理问题，而是否有毒是科学问题，对于认定某一添加物是否有毒、有害还是足以造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾病，应该建立在对涉案添加物质进行安全性毒理学实验验证的基础上，如果没有毒理学试验结果作为支撑，即使是专家意见也是无源之水，站不住脚。一旦进入法庭辩论，犯罪嫌疑人或辩护人对专家意见提出质疑，案件将陷入胶着状态。
以在泡发豆芽过程中使用含有6-苄基腺嘌呤、赤霉素、4-氯苯氧乙酸钠为主要成分的生产调节剂为例，对于上述物质的安全性毒理学研究不少，但学者对上述三种物质的安全性并没有形成共识性意见，且存在国际上的采用的标准相较于国内标准在某些方面更为宽松的情况。
3.行政违法与刑事犯罪之间的界限亟待明确
危害食品安全的行为可能构成行政违法，也可能构成刑事犯罪，对于生产、销售不符合安全标准的食品，如何认定“严重超出标准限量”、“足以造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾病”在实践中较难掌握，在省、市层面未出台相关标准的情况下，区一级层面在处理该类可能涉嫌犯罪的案件时掣肘较多。
如含铝泡打粉是限制使用的食品添加剂，是否超过国家规定的标准100mg/kg即应认定为犯罪？上海规定超出国家标准1倍可认定为严重超出标准，山东认为需要由省专家根据检验报告进行论证。而我们在收到该类案件线索时，因缺乏相应的地方性指导意见，难以界定行政违法与刑事犯罪之间的界限，致使一部分案件未能进入刑事程序。
解决食品非法添加类案件存在的问题，需要从几个方面着手：
一是省、市级行政机关、司法机关统一案件标准，由公安机关、市场监督管理部门开展事先联合执法行动来消除该类案件主观明知认定上存在的障碍。
如在淡水鱼中添加孔雀石绿或硝基呋喃类药物的判例大部分在深圳市罗湖区，源于该区在进行打击处理前，公安机关、检察机关、法院与市场监督管理部门就如何认定主观明知统一意见，前期由市场监督管理部门至辖区内水产生产、经营商户处送达《水产品经营安全责任承诺书》，告知生产户、经营户在从上游购进淡水鱼产品时，应向上游查验营业执照、税务登记证、食品检验检疫证、食品安全许可证，否则一旦查出水产品中有非法添加行为，则认定为其主观明知构成犯罪。
二是在办理危害食品安全案件时，对于食品中所掺入的物质的危害性无法确定的，应该按照科学实验的要求，委托相关权威专业实验室进行病理、毒理等试验，对其危害性有相对的确定性认知。
专家出具认定意见时，应该附上实验的具体情况及结果，意见不同意的则应将不同意见罗列气候，供司法部门审核裁定时参考。
三是在省市层面出台标准一致的指导意见对实践办案进行规范，严格划清行政违法与刑事犯罪之间的界限，对于构成犯罪的要依法打击，对于违法但尚未构成犯罪的依法进行行政处罚，保证行刑手段对食品领域的全面规制，从而实现保障人民群众身体健康生命安全的目的
